毕业论文是学生在大学期间完成的重要学术作品，对于保障学术诚信和促进学生独立思考具有重要意义。在提交毕业论文之前，学生需要进行查重，以确保论文的原创性和避免抄袭。然而，关于毕业论文查重时是否需要去掉参考文献和摘要，存在一些争议。

一些人认为，在进行毕业论文查重时，应该去掉参考文献和摘要。他们认为，参考文献和摘要是论文中的固定内容，不应该被算作抄袭的一部分，因此不需要进行查重。此外，参考文献和摘要的内容通常是从其他文献中摘录或引用的，与论文的主体内容没有直接关系，因此也不应该被算作抄袭。

然而，另一些人认为，在进行毕业论文查重时，应该包括参考文献和摘要。他们认为，参考文献和摘要是论文中不可或缺的部分，应该被视为论文的一部分进行查重。此外，参考文献和摘要中也可能存在抄袭的情况，特别是在参考文献中存在未标注的引用或者直接复制其他文献中的内容的情况。

从实践角度来看，大多数学校和机构在进行毕业论文查重时都会包括参考文献和摘要。这是因为参考文献和摘要是论文中的重要部分，也是学术诚信的重要组成部分。在查重时，需要确保整篇论文的原创性，而参考文献和摘要中的内容也可能存在抄袭的情况，因此需要纳入查重范围。

另外，即使在某些机构或学校中，查重时不包括参考文献和摘要，学生也应该自觉遵守学术诚信的原则，保证论文的原创性和独立性。学生应该认真阅读论文写作指南，了解如何正确引用和标注参考文献，并在写作过程中注重独立思考和避免抄袭。

综上所述，毕业论文查重时应该包括参考文献和摘要，以确保整篇论文的原创性和学术诚信。同时，学生也应该自觉遵守学术诚信的原则，注重独立思考和避免抄袭。